Kern van de aanpak van Endometriose in Balans is dat de patiënt de regie krijgt over haar behandeling en kan rekenen op de behandeling door professionals en specialisten van verschillende disciplines. Ieder lid van het multidisciplinaire team is gespecialiseerd in endometriose. Zo kan de patiënt samen met haar team uitvinden en bepalen wat in haar situatie het beste behandelplan is. Alvorens patiënten een operatie ondergaan worden zij eerst besproken in het multidisciplinaire overleg.